1937年12月11日，抵达庐山的蒋介石被身边的无线电机要人员告知：已经收不到南京的消息了。
就在这一天，蒋介石留在南京的两个贴身卫士班，在队长俞洁民的带领下出了挹江门，在下关坐上自己掌握的一艘火轮向上游九江开去。这是南京围城后第一队脱险的人。不是没有唐生智的命令谁也不许走么？但俞洁民是蒋介石的贴身卫士长，把守下关的宋希濂也不敢拦。
这天晚上，蒋介石得到安徽当涂陷落的消息。当涂在哪？芜湖和南京之间。也就是说，日军已经完完全全地完成了对南京的包围。如果不放弃南京，守城部队基本上会被日军围歼。但蒋介石这边跟南京的通讯已中断，他只好电令在长江北的顾祝同，叫他转告唐生智，原话是：“如情势不能久持，可相机撤退。”
一个电话打过去，正好是唐生智接，顾祝同叫他11日晚先渡江，同时向各部队下达突围命令。但唐的想法是：如果自己先走，虽有蒋的口头传话，但毕竟不是白纸黑字，将来他必成为媒体和民众心中的逃将，有一万个嘴也说不清楚，所以他告诉顾祝同，必须召集司令部会议，向将领们传达蒋的命令。
在顾、唐通电话的当夜，南京枪声不息，市民们伏在家，于黑暗中继续忍受煎熬。在外面，蜷缩在寒冬马路上的是无家可归的难民，以及从前方阵地上撤下来的痛苦呻吟的伤兵。此夜天空暗无星斗，有的只是炮弹滑过后恐怖的声音和爆炸时惨白的光亮。
遥望紫金山，那里的战斗已进入白热化。
唐生智是12月11日晚上11点接到顾祝同电话的，3个小时后，也就是12日凌晨2点，他在自己的公馆召集副司令罗卓英、刘兴，以及参谋长周斓和参谋处长廖肯等人开会，将撤退的命令通告诸人。短暂的会议结束后，唐叫参谋处长廖肯、作战科长谭道平迅速起草撤退计划。在如此危急的情况下，撤退计划的拟订，成了对参谋们的一次大考。
12月12日傍晚5点，唐生智召开会议，但他没马上下达撤退令，而是先问与会将领：在一部日军（第23联队肥后盛英中队）已攻入中华门与水西门之间城垣的危局下，是否还能对南京进行有效守卫？
此时，南京环城处处激战，卫戍司令部的气氛紧张到极点。由于不是蒋介石直接向唐下的命令，所以老唐还是留了个心眼，叫各部队长分别代表自己的部队在撤退令上签字：
人们好像都不愿意第一个签。过了一会儿，第66军军长叶肇说：情势危急，我先签。
随后，周澜签了。第三个签字的是孙元良，第四个是宋希濂，随后俞济时、邓龙光都签了字。王敬久则一个劲地抽烟，最后也签了。
按桂永清的说法，在一片沉默中，他站起来说：城防左侧（乌龙山、幕府山一线）并没有多少敌人，紫金山的大部分阵地仍在手里，中山门外的四方城到白骨坟虽处于激战中，但敌人并没突破防线，而光华门更是牢固，只有中华门与水西门一线告急，但可以派教导总队的预备队去支援。
唐生智这时候从口袋里摸出蒋介石通过顾祝同下达的命令：宣布放弃南京。
没人知道唐生智此时的心情，因为他曾宣布要与南京共存亡。同时，他也对蒋介石说过：没你的命令我决不撤退。现在命令也来了，撤退似乎顺理成章。
唐在会上说的最后一句话是：“战争不是在今日结束，而是在明日继续；战争不是在南京卫戍战中结止，而是在南京以外的地区无限地延展。请大家记住今日的耻辱，为今日的仇恨报复。”
唐生智终于没有做到死守南京。他此前采取的一切背水一战的措施，开始慢慢显露出恶果了。
唐生智叫人下发了参谋处拟出的撤退计划，原则是大部（从正面）突围，一部过江（从下关渡长江北撤）。命令如下：
一、敌情如贵官所知。
二、首都卫戍部队决于本日晚冲破当面之敌，向浙、皖边区转进。我第7战区（新成立战区，由刘湘任司令长官）各部队刻据守安吉、柏垫（宁国东北）、孙家铺（宣城东南）、杨柳铺（宣城西南）之线，牵制当面之敌，并准备接应我首都各部队之转进。芜湖有我第76师，其南石炮镇有我第6师占领阵地，正与敌抗战中。
三、本日晚各部队行动开始时机、经过区域及集结地区，如另纸附表规定。
四、要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药，应彻底自行炸毁，不使为敌利用。
五、通信兵团，除配属外部队者应随所属部队行动，其余固定而笨重之通信器材及城内外既设一切通信网，应协同地方通信机关彻底破坏之。
六、各部队突围后运动务避开公路，并须酌派部队破坏重要公路、桥梁，阻止敌之运动为要。
七、各部队官兵应携带4日份炒米及食盐。
八、予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。
南京卫戍军各部突围计划：
一、第74军所辖第51师、第58师自铁心桥、谷里村、陆郎桥一线以右地区突围，向祁门附近集结。
二、第87师、第88师自飞机场东侧高桥门、淳化镇、溧水一线以右方向突围，向黟县附近集结。
三、教导总队、第103师、第112师、第66军，自紫金山北麓、麒麟门、土桥镇、天王寺一线以南地区突围，教导部队向昌化附近集结，第66军向休宁附近集结，第103师、第112师向于潜附近集结。
四、第83军自紫金山、麒麟门、土桥镇一线东北地区突围，向歙县附近集结。
五、第2军团应极力固守乌龙山要塞封锁线，万不得已时渡江，向六合集结。
六、第36师应掩护各机关及直属部队渡江后开始渡江，向花旗镇、乌衣附近集结待命。
按命令，守卫乌龙山要塞的第2军团掩护大军撤退，但由于徐源泉的部队跟城内司令部的通讯已断，所以唐生智并不知道第2军团在他们开会前就已经渡江了。12日下午，徐源泉听一名逃兵说南京已经失守（实际上是中华门、水西门一线城垣攻进来少量日军），于是马上跟城里联系，但发现电话不通了，给唐生智发电报，也没得到回音，在这种情况下，他先行带军队渡江而去了。
这倒是一支安全脱险的部队。徐源泉先派了一支部队对沿江而来的日军（山田支队）进行警戒，又命令在乌龙山要塞的守备队接应从前进阵地撤下来的部队，在12日天黑后以主力在周家沙、黄泥荡两处安然渡江，转天天亮前，把留在南岸的最后一个士兵运送到了北岸。
虽然徐源泉“擅自”撤退，但由于已经跟城里联系不上了，而且在撤退时很有章法，为抗日军保留了大量战士，所以也很难给他什么指责。至于日军军舰冲过乌龙山要塞开到下关，已经是13日早晨8点以后的事了。
按唐生智的命令，大部突围在12日晚11点后，第83军为13日晨6时。在会上，唐生智将撤退路线下发诸将领后，又口头补充了一句：每支部队在撤退时应有长官率领，如部队已脱离掌握，可同我一起过江，第51师、第58师、第87师、第88师和教导总队，如不能全部从正面突围，有渡轮时可向北渡江，奔滁州集结。
不少人说，坏就坏在这道口头命令上了。
南京卫戍司令部参谋拟出的撤退计划还是很具体的，但当时通讯多已中断，在操作上已无法完成了。而且，搞军事的人都知道，两军对垒时，一个撤退令会对士兵的心理产生多大影响，也许在下令前士兵们还在浴血奋战，而一旦得知全线撤退后，意志就有可能在瞬间崩溃。所以，即使没有那道口头命令，在孤城危局下，撤退一方的军队也很难做到从容而行了。口头命令反而加快了这种混乱。
散会后，唐生智叫人对卫戍司令部的大量机密文件进行了处理，然后命令部下将自己的公馆焚毁，随后率罗卓英、刘兴、周斓等人奔向下关江边煤炭港海军码头。在路上，他问渡船的情况，周斓告诉他司令部掌握着一艘小火轮。
对，就是当初留下的那艘。
谭道平等人已经在火轮上等着了。唐生智等人上船后，等佘念慈和廖肯，但没等到，于是在晚上9点多的时候开船，奔向江北。他们坐的这只船，还是前几天从江阴那边开来运送军用品的，被参谋长周斓多了个心眼，留了下来。这艘船，成了卫戍司令部的救命之船。
教导总队第2旅第3团团长李西开（云南讲武堂，云南开远人）回忆，12月12日傍晚6点半，由于他的这个团伤亡惨重，接到了教导总队参谋长邱清泉的电话，告诉他邓龙光第83军将接替第3团的阵地，让他带部队到太平门外的冈子村。也就是说，此时桂永清开会还没回来。如果是这样的话，那么桂永清返回富贵山指挥部时，至少在傍晚6点半以后。半个小时前，紫金山第二峰刚刚陷落，第一峰战斗正在进行中。
桂永清是和王敬久一起回到富贵山地下室的。在指挥部，桂永清计划召开个紧急会议，但由于时间紧迫，又取消了会议，放了归桂节制的第103师副师长戴之奇的鸽子，惹得戴大骂。
桂永清决定用电话通知前面的部队长，王敬久也采取了同样的办法，于是有的部队联系上了，大多数则没联系上。王敬久不管那些了，先行渡江。
桂永清也决定走，想带邱清泉一起，被后者拒绝。邱清泉说，马威龙第3旅还在紫金山第一峰与日军激战，他想跟前线各阵地的部队长再联络一下，尽量都通知到，再商议一下撤退路线。这时候，第1团（秦士铨）、第2团（谢承瑞）、第6团（刘子淑）联系上了，紫金山上与敌激战的马威龙的两个团和太平门外的第3团（李西开）还没联系上。
桂永清望着自己的这位参谋长，说了声：保重，时间紧迫，现在南京已是危城。
随后，桂永清离开了富贵山指挥部。
桂永清撤离时也可谓历经磨难，九死一生。由于身体肥胖，他行动起来比较缓慢，好不容易到达下关江边，又无船可渡。跟随着的卫兵临时扎了一个小木筏，渡江时又多次出现险情，最终还算幸运，被卫兵连拉带拽，终于抵达江对面。桂永清逃过一劫。
王耀武于当晚8点多接到军长俞济时传达的撤退令，他领着第51师往雨花台地区的双闸镇方向突击，杀出一条血路后来到下关江边。作为一师之长，他亦无船可渡。以睿智精明著称的老王闭上眼：此即生人之江，也是绝命之江！
恍然中，他听到有人大喊了一声：王师长，快跟我们走！
睁眼一看，竟是第74军军部的副官。原来，此时军长俞济时和第58师师长冯圣法已安全过江，俞济时有先见之明，南京战前为自己的部队准备了一艘小火轮，现在专门来接王耀武。
王耀武脱险了，第51师、第58师的大部分士兵，最后也乘这艘小火轮抵达对岸。王耀武过江后，不见邱维达，万分着急，立即命人返回江南岸。
1937年12月12日夜，打起仗来以亡命和脾气坏著称的教导总队参谋长邱清泉陷入了巨大的伤感中。
按教导总队参谋处作战参谋刘庸诚（中央军校10期，四川成都人）的回忆，在桂永清走后，“邱叫卫士把一堆文件拿去烧掉，静坐在电话机旁，一支接一支抽着烟，有时两眼微闭，若有所思。”
悲从心起的邱清泉等来了刘庸诚的同学、炮兵连代理连长严开运（中央军校10期，四川邛崃人）。
临近黄昏时分，严开运的阵地击落了一架日军飞机。当时规定，击落敌机者奖银洋500块。邱清泉告诉小严，奖励以后会给你，现在你带人撤吧，渡江到浦口。但走前，把战炮全部炸毁。
严开运知道南京已经弃城，但心有不甘，舍不得自己的战炮。
邱清泉想了想说：那你就带走吧，但如果带不走，一定毁掉，不能留给日本人。
严开运向他的长官敬了一个军礼，走到既是同学又是老乡的刘庸诚面前，握住手，用四川话说：老刘，你什么时候撤？保重啊！
刘庸诚鼻子一酸，说：你也要保重！我和参谋长还要继续通知一下前面的部队。
严开运转身奔出富贵山地下室。
在已经决定弃城的12月12日夜，由于没接到命令，教导总队的防线从紫金山、灵谷寺、陵园新村、西山孝陵卫到白骨坟一线仍处处激战。
当晚7点半，教导总队第2旅第3团的人到太平门外的冈子村后，没发现前来接防的邓龙光部队，随后报告团长李西开，后者再给邱清泉挂电话时，电话已经打不通了。
到8点半时，教导总队第3团把指挥所从明孝陵转移到廖仲恺墓附近，团长李西开和他的副手彭月翔（黄埔军校6期，江苏如东人）开了一个紧急会议，商量下一步打算。这时候，第6团团长刘子淑（黄埔军校4期，湖南津市人）、第1团团长秦士铨（黄埔军校4期，湖南零陵人）陆续来到指挥所，刘子淑告知李西开，卫戍司令部已决定弃城。
刘子淑大怒道：他胡启儒（第2旅旅长）先跑了！
弃城令下达后，胡启儒在电话里告诉刘子淑，他到下关宋希濂那接洽第2旅撤退的事，但到下关后发现情况不好，于是“先行一步”了。
李西开说：现在骂也没用，当务之急是定个撤退计划！
三个团长一碰，出了两个方案（也只能是这两个方案）：一是进城后到下关渡江；二是从正面突围，经太平门向皖南转进。但由于此时秦士铨的一个团已经快打没了，刘子淑虽然还有点人，但以新兵为主，而且伤亡也不小，所以大家还是决定向江边撤。
随后，几位团长分了手，却不想秦士铨团长在突围中殉国了。而紫金山上马威龙的两个团，由于接不到命令，仍在苦战中。
教导总队通讯营的石怀瑜连长接到撤退令时已是12日深夜。他带着20多名士兵向太平门跑去，到军校大礼堂时已是零点。此时回望紫金山，一片火光，第一峰的战斗更趋激烈。石连长和他的战友泪水夺眶而出。12月12日晚，悲壮的气氛渲染着古都的每一棵枯草。南京的悲歌，已在壮烈中奏响。
南京已三面被围，不愿从正面突围的士兵和逃难的市民奔向下关江边。在他们看来这里是唯一的出口。很多市民举家跑出屋子，加入逃难的人流。于南京脱险的教导总队辎重营营长郭岐（黄埔军校4期，山西山阴人），在1938年写下《陷都血泪录》，其中有这样一段：
各级部队都在向下关蜂拥撤退，宽敞坦荡的大马路上，一片大乱的情景，出乎我的想象，人潮汹涌，遍地凌乱，极少有部队能够保持队形，几乎每一个人都在钻隙北进，尽快地奔向下关的挹江门，部队长掌握不住部队，各级官兵似乎也无意跟着部队行进。没有人知道他们挤向前去的遭遇，更遑论未来的命运，唯一的目的就只有往前挤过去。
很多人没接到撤退令，包括作为南京卫戍军司令部参谋的程奎朗。
12日傍晚，他看到宪兵第2团团长罗友胜神色紧张地来到位于铁道部大楼的卫戍司令部，告知他一部分日军已经冲了进来，他的部队奉命去中华门和水西门一线增援，但已经顶不住了。
罗走后，程奎朗在食堂里遇到一名传令兵，传令兵说：司令长官和参谋长都走了，你还不走！
他才知道南京已经弃城。当程奎朗回到参谋处办公室时，已空无一人，他慌忙出了铁道部大楼后门，往金川门去，但被人告知那里已走不通，于是折回到中山北路，也奔向挹江门，在回忆录中他这样写道：
到了中山北路海军部门口，遇到第36师部队在马路上架起机枪封锁交通，不准由南来的部队通过。这时天已黄昏，只见城南火光冲天，炮声震耳，尤以紫金山方向枪炮声最烈。中山北路上，车辆、部队，黑压压的，如潮水般地向挹江门涌来。出城的人们争先恐后，前推后拥，挤作一团，有的被踩倒在地上，喊爷叫娘。第36师的哨兵在城门口架起机枪大声喊着：不要挤，再挤就开枪打！人们依然挤着，我艰难地出了挹江门……
去下关江边，必从挹江门穿过。守挹江门的是作为南京守军总预备队的宋希濂第36师。
保卫战开始时，唐生智就把挹江门封了。12日傍晚决定弃城后，由于通讯不灵，命令并没马上下达到挹江门守军这里。此时挹江门前，两边是铁丝网，中间只有一条小道，第36师士兵举着步枪，做瞄准状，不叫人们出城。冲到门前的军民，则一起往前挤。第36师士兵随即开枪阻击，南京城内陷入大混乱！
正如程奎朗所说，此时城南中华门方向枪声大作，紫金山方向更是烈焰升起如同白昼。
通往挹江门的路上，市民越聚越多，哭声和喊声连成一片。在挹江门一时无法洞开之际，包括第83军第156师师长李江在内的不少人，都选择了攀缘城墙，结绳而下。
后来挹江门终于打开，随即发生惨剧：拥过去的军民达到数万人，而且还在不断增加，一时间发生了人踩人的混乱场面，在光华门阻击日军的教导总队团长谢承瑞，拖着受伤之躯也来到这里，在混乱中被人挤倒在地，最后竟被后面拥上来的人群蹬踩而死！
谢承瑞从炮兵专科学校到兵工大学，又在法国系统地学习了军事，是当时难得的人才。后来有一次，有人对桂永清说：你们教导总队出身的将士都是一流的军事人才。桂黯然回答：一流的都在南京殉国了，现在剩下的都是二流的，包括我在内。那人问：谁是一流的？桂回答：谢承瑞。
军民都往下关去。这时候，下关江边有多少船呢？
按很多人的说法，此时江边看不到船。这也比较夸张。如果一条船也没有的话，脱险的那部分将领和士兵又是怎么走的呢（南京突围后，作战科长谭道平负责统计脱险士兵数量，各地共收容44,000多人，除从正面突围的两支广东部队和教导总队马威龙第3旅外，大多数仍是渡江脱险的），不可能全靠浮木登上对岸。
日军围城前，下关本来停有两艘大型火轮（每艘可运送800人），但唐生智嚷嚷着要死守南京，所以他下令把这两艘船赶往上游武汉了。据宋希濂的回忆，1937年12月12日夜，下关江边只有四五艘小型火轮，其中司令部掌握一艘，俞济时的第74军掌握一艘。下关到燕子矶一段的江边，则有两百多条民船，外加最多3艘小火轮，掌握在第36师手里。
小火轮就那几艘，民船虽然有一些，但搭载人员有限，而且速度慢，在江两边往返的话，耗时自然就要长，加上不少民船到对岸后就不再返回，所以也就成了“一次性用品”。更要命的是，这个时候，江北岸胡宗南的部队还没接到南京突围的命令，不许对岸的人过来，甚至一度枪击渡江者。这是当初唐生智下的命令。说到这个老唐，如果当初他有个周全计划，不把两艘大型火轮（过江运一趟来回45分钟）赶走，那么从12月12日下午5点以后，到第二天7点天亮前，足足有14个小时的时间，可以算一算能运送多少军民！
但这所有的一切，仅仅是“如果”，历史恰恰不相信“如果”。
第一时间安全渡过长江的部队，除了一直在江边防守又掌握渡船的宋希濂第36师外，就是王耀武的第51师和冯圣法的第58师。
由于船只不够用，更多的士兵和市民只能望江兴叹。情急之下，有的人四处寻找木料编筏子，但筏子刚投进江里，就有一群人跳上去，很多筏子到不了对岸就沉了；有的人抱着木头直接跳进冬天的长江，最终被急流吞没；有的人则蹲在木盆中，随着江水无望地漂流。
很多人在焦急中沿江往下游燕子矶方向逃去；有的则奔往上游上新河方向；更多的妇孺老弱以及伤兵跺脚捶胸，不知如何是好。
在城垣上受伤昏迷的邱维达被部下用担架抬到江边，王耀武派来的人正在四处寻找，最后终于发现邱维达，紧急把他送上小火轮！
当初，第88师残部从雨花台撤下来后，由于进不了中华门，副旅长廖龄奇只好带人往江边退，反倒因祸得福，在渡江时占了先机，奇迹般地过了江。后来，留在城里的旅长吴求剑和师参谋长张柏亭也脱险了，但师长孙元良却没能跑出去。
在中山门外作战的第87师第261旅旅长陈颐鼎、第260旅旅长刘启雄，直到13日零点才知道南京可能已经弃城，但已经联系不上王敬久和沈发藻了，所以他们跟部下一起签字，担负在没有命令的前提下撤离阵地的责任。
往下关撤退的路上，陈颐鼎想：既然是主动撤退，下关必定有船只接应部队。当拂晓达到下关江边后，他们傻了：眼前是一片片逃难的市民和撤下来的军队，而船只寥寥！
刘启雄跟陈颐鼎商量，想潜藏到难民区。后者一听就说不行，此时再进城不等于往老虎嘴里钻么？但刘启雄坚持个人想法（实际上最后没能回城），陈颐鼎只好与他分手，带人奔下游燕子矶。到了那里，他们先是坐着木板顺水漂流，木板沉没了，又侥幸搭上芦苇编成的筏子，多次历险后（一度滞于江心的八卦洲），直到12月16日才上了北岸。
第87师最终也成为南京突围中损失最惨重的部队，最终渡江脱险的，只有师直属部队300多人！
下关江边的混乱虽然在继续，但这一带却亮如白昼，因为电厂仍在为江边的路灯供着电。有人说，亮着路灯，这不是给日军飞机军舰照亮么？实际上，这时候日军虽突破了乌龙山防线，但还没冲到下关江面（转天上午才到），而日机一贯是白天轰炸。所以，江边的路灯，在12月12日的突围之夜，更多地帮助我们的同胞。但历史永远忽略细节。在这样的晚上，又有谁会去注意那亮着的路灯呢？又有谁会想到路灯后坚守岗位的工人呢？因为电厂工人都坚守岗位，没有逃跑，所以城陷后很多人来不及脱身，最终死于屠城中。
在人们涌向下关时，两支来自广东的部队：叶肇第66军、邓龙光第83军主力，以及教导总队第3旅马威龙部，已经决定从正面突围！
按卫戍司令部计划，第83军应在掩护其他部队撤退后，再于13日凌晨突围。在随后的行动中，邓龙光没执行这一命令。现在看来，当时很多部队都往下关方向撤，没选择从正面突围，这也使第83军的掩护任务实际上无法实施（后来，邓龙光被“记大过”处分）。
第83军不是全军从正面突围的，其所辖第156师（师长李江，从下关渡江）大部没接到突围命令，最后选择了向下关撤退，只有一小部跟随该师参谋长姚中英少将（黄埔军校2期，广东平远人）从正面突围。走太平门从正面突围的，还有第154师（师长巫剑雄，但他本人没随队，而是出下关，从乌龙山渡江）、第159师（罗策群代师长）、第160师（师长叶肇兼任）。
突围的广东部队以叶肇为总指挥，时任第83军参谋处处长刘绍武（黄埔军校6期，广东兴宁人）脱险后写有《83军南京突围记》，多少年后读起来，当时紧张危急的场面，仿佛就在眼前：
（12日）大约下午二时，忽接长官部电话，找军长邓龙光去开会，邓与参谋长陈文一同前去。五时左右，上校参议柯申甫突然驾驶邓龙光的汽车来找我。他一进军部大门，就大叫一声：“走呀!”……叶肇部作先锋（叶部入城后未被使用，故集结容易），邓龙光部作后卫，抢先突围。于是叶（肇）、罗（策群）、邓（龙光）、陈（文）等一拥上车。此时广场已万头攒动，水泄不通，将军的怒骂，汽车的喇叭，均失作用。只得弃车乘马，但马也无回旋余地，又迫而弃马步行。那时人都准备轻装逃命，不少珍贵行李都视如敝屣。邓龙光的几枝人参浸制的酒和几盒头号的高丽参皆弃诸道旁，无人过问。只见失却节制的队伍蜂拥向太平门方向移动，秩序大乱。我们八时许到达太平门。据报，叶肇、罗策群亲自指挥部队拆除堵塞城门的沙包。我们就在一间守兵用的小房子内静候出城。当时紫金山的敌炮断断续续地向太平门内盲目射击，麇集在太平门内的我军迭有死伤，越城之心愈急。九时许，忽然人声鼎沸，人流蠕动，据报先头部队已开路出城，我们就争先恐后继续跟上，各显身手，从城门夹缝之中挤出去……
叶肇和邓龙光的广东部队急于出城从正面突围，而教导总队士兵正从城外阵地撤回城内，准备奔下关渡江，两股部队堵在太平门！经交涉，最后教导总队的士兵同意广东部队先出城。在广东部队完全奔出太平门后，教导总队的这队士兵始涌进城内，他们并没有觉察到自己踏上了更为危险的道路。
进入12月12日深夜，很多部队开始突围或向下关撤时，固守紫金山的教导总队第3旅还在旅长马威龙率领下与日军死战。直到13日零点以后才开始撤退，这支部队沿紫金山北麓绕行敌人薄弱的空隙，成功迂回到皖南。在转年的河南兰封之役中，马旅长在与友军围攻土肥原贤二第14师团，率军冲锋时为日军击中，殉国于中原大地。
广东部队一出太平门，就遭到日军第16师团的阻击，姚中英少将阵亡。但此时日军还没意识到中国军队开始突围。到12月13日零点，突围到至仙鹤门、尧化门时，日军发现了中国军队的意图。几次冲击，广东部队都没冲过封锁线。第159师罗策群代师长身先士卒，挥动手枪带队冲击：“丢那妈，冲呀！唔好做哀仔呀！（粤语：不要丢脸！）”
冲击中，罗策群代师长殉国。
12月13日，广东部队接近汤山。又一场大战后，第159师余部奋勇冲出包围，向小九华山一线转进。第160师抵达汤山后，又遭日军拦截，叶肇和军参谋长黄植南在战斗中跟部队失去联络。此时，第83军军长邓龙光率154师、第156师余部向淳化镇方向突围而去，于21日到达南陵（安徽东南）安全地带。
从太平门正面突围的中国军队付出的代价是巨大的。除了罗策群代师长外，在突围中力战而死的还有第156师参谋长姚中英少将、第160师参谋长司徒非（保定陆军军官学校6期，广东开平人）少将等人，士兵伤亡更多。第66军军长叶肇和他的参谋长黄植南的经历更令人感叹。在与大部队失去联系后，他们化装成村民，于山间潜行，14日转上宁沪公路，夹杂在难民中，没想到被日军辎重部队抓了壮丁，后侥幸逃脱，艰难抵达上海，返回广州时已是1938年2月了。
虽然代价巨大，但从正面突围的广东部队经过浴血奋战，杀出一条生路，为部队保留了大量抗日精英。
广东部队突围时，有一点不知道，就是当他们冲到汤水镇时，把正待在这里的包括上海派遣军司令官朝香宫鸠彦亲王在内的日军司令部成员吓了个半死。因为此时保卫日军司令部的只有一个步兵大队。朝香宫完全不知道从南京突出的中国军队的来头，慌忙急电南京城下的日军救援，驻在城外高桥门的第9师团人见秀三联队火速派了第2大队救火，朝香宫一帮人才转危为安。
中国军队在阴差阳错中失去了意外歼灭日军司令部的机会。
当1938年1月初的朝阳升起时，广东部队已完全脱离日军控制区，在安徽南部集结后，转赴湖南休整，不久后又走上抗日战场。
12月12日夜，到达下关江边的中国军民已越聚越多，超过5万人。
唐生智率卫戍司令部的人于当晚10点到达长江北岸的浦口，随后一行人往滁州方向撤退，但在花旗营遭到日军（国崎支队）伏击，脱险后改路线奔扬州顾祝同那里。到扬州附近后，顾祝同已转驻安徽临淮关，走之前给唐生智留下了汽车，随后唐生智等人乘车到达滁州。
在滁州著名的醉翁亭，卫戍司令部召开会议，唐生智说：我打了一辈子仗，从来没有打过这样糟的仗。我对不起国人，也对不起自己。
随后，唐生智带卫戍司令部人员去了武汉，蒋介石在那里等着他了。南京城，在唐生智离开的当天夜里，火光不熄。
日军第114师团的士兵为了冲过护城河，放倒了一根木制的电线杆，在一侧钉上木板，搞了一个独木桥，工兵跳进水里充当人柱，日军敢死队踏上独木桥，冲向雨花门，通过多次爆破，终于把铁门炸开了一条仅能通过一人的缝隙，他们攻入雨花门，踏上南京城土地的日军，越来越多了……
到了后半夜，枪炮声渐渐稀疏了。
整个城市一度陷入巨大的寂静。在这个冬天的夜晚，清冷的月光照耀着南京的大地和被炮弹掀去顶子的房屋，地上遍是瓦砾，再就是被丢弃的各种装备，以及残破的青天白日旗。
这是南京城陷前的寂静。
这寂静，让南京市民更加恐慌。
当天，日军飞机轰炸了长江中的美国军舰帕奈号，而由桥本欣五郎任联队长的野战重炮第13联队，攻击了长江中的英国“瓢虫”号和“蜜蜂”号军舰，理由是“运送中国败残兵”。
日本人彻底疯了。
而历史，无可挽回地进入了1937年12月13日。