贞观末年，渐受冷落有被废黜危险的太子李承乾欲发动清除父君李世民的政变，他所联络和依靠的首要人物是大将侯君集。在《酉阳杂俎》中，记载了侯君集之变的故事：
侯君集与承乾谋通逆，意不自安，忽梦二甲士录至一处，见一人高冠彭髯，叱左右：“取君集威骨来！”俄有数人操屠刀，开其脑上及右臂间，各取骨一片，状如鱼尾。因啽呓而觉，脑臂犹痛，自是心悸力耗，至不能引一钧弓。欲自首，不决而败。
侯君集与李承乾合谋后，常自不安，梦中被人提审，被从脑袋和臂上取骨各一片，状如鱼尾，及至醒来，脑臂犹疼。从此精神恍惚，连一钧重的弓都拉不开了。后欲自首，但犹豫不决，终于事败，伏诛而死。
侯君集在凌烟阁“二十四功臣”中排名第十七，他是陕西旬邑人，很早就进入了李世民的秦王府，为该集团的重要人物。侯君集生逢乱世，虽无甚文化，但天赋聪明，为人凶狠，自投李世民后，南征北战，功勋卓著，其颇有棱角的性格深为世民所爱。在玄武门之变中，侯是李世民所带的九名心腹之一。当时，李世民下决心清除作为太子的哥哥和作为齐王的弟弟，长孙无忌、杜如晦和侯君集出力最多。
李世民即帝位后，以侯君集为兵部尚书，令其掌握大唐帝国兵权。后转为吏部尚书，掌握帝国的人事，可见世民对侯的宠信。侯君集本人恃宠使性，这时候他最不服的是军事天才李靖，每耻居其下。在贞观九年（635年）攻灭吐谷浑的战斗中，侯君集是作为李靖的副手出征西域的。直到贞观十四年（640年），才以总司令官的身份指挥了攻灭另一个西域古国高昌的战斗。但在攻灭高昌的战斗中，侯君集掠夺了大量财宝，入得私囊。此事为导火索，引得与之积怨的大臣的弹劾。而在此之前，已有多名大臣秘密向世民打报告，认为侯君集将来必反。
李世民与侯君集的关系值得玩味：作为帝王，李世民驾驭手下的能力自不必说，二十出头的年龄，就网络了一大批高手：长孙无忌、杜如晦、房玄龄、尉迟敬德、李靖、段志玄、程咬金、徐世勣、秦叔宝。而侯君集呢，也是颇有性格的人，矜傲放纵，这一点在凌烟阁“二十四功臣”中数一数二。也许手下的人都太老实了，所以李世民对颇有性格的侯君集非常喜欢，以致高昌事件并未深究。当然李世民不傻，他知道以侯的个性也许今后真的会闹出乱子，不过他相信：有自己在，就能镇得住他。可他没想到，被宽恕的侯君集，后来渐渐跟受冷落的太子李承乾挂上了。关于李承乾的问题，不必多说，有李世民这样强势的父亲，那么李承乾在生活空间中肯定是非常难受的，一如当年汉武帝的太子。
贞观十七年（643年），李世民有另立太子的意思。按照史上的说法，侯君集趁机鼓动太子发动政变，夺取帝位。事情最后失败。他们面对的毕竟是李世民，人家就是凭政变登基的，自然熟悉这一路。政变失败后，侯君集下狱。他拒绝承认罪责，被处斩时留下这样的话：“君集岂反者乎？！”据说当时李世民有意再宽恕他一次，但“群臣不许”。史上的这一记载比较可疑。在处斩那天，君臣二人都潸然泪下，也真够感人的了。李世民说：“以后，我只能到凌烟阁看你的画像了。”杀还是要杀的，在这个问题上李世民不会含糊。至于侯君集是否真的有谋反之意，则永远是一个谜了。