就在和朝廷讨价还价的同时，王守仁开始重新整编军队，以二十五人为一伍，两伍为一队，四队为一哨，两哨为一营，三营为一阵，两阵为一军，实行逐级负责制，又重新设计兵符的形制与使用规范，以收整齐划一、如臂使指之效。同时他奏请朝廷，在新近平定的地区置县设防，以免将来贼势复起。
如此规模的改制整编，从管理的角度看确实是很高明的手段。说它高明，倒不在于这个新的组织结构本身。
任何一个机构，只要时间久了，内部关系都会盘根错节，严重影响管理效率。一个锐意有为的新任管理者注定会面临这个问题，但解决起来麻烦很大，牵一发而动全局，尤其是岗位调动、职务升降之类的事情，总会伴随着无边的怨言和谣言。所以最有效的办法莫过于全部洗牌，重新来过，如此则一切人事问题都自然变成“对事不对人”了。
再者，虽然俗话说“养兵千日，用兵一时”，但兵不是一般的难养。人之常情，很难长时间一直保持紧张状态，机构也是如此，所以养兵不但耗时耗力，还往往越养便越涣散。我们看历朝历代“养兵千日”，越是承平日久，这一规律便体现得越是明显。商鞅曾经懵懂地意识到这个问题，而提出的对策毫无道德操守：“国力一强就应该出去侵略。”（《商君书·去强》）儒家阵营里的王夫之意识到养兵的弊端，认为用兵的关键就在于利用好以下三点：
1. 士兵短时间内凝聚起来的士气。
2. 士兵对作战习以为常的心态。
3. 打仗则有利可图，不打仗则无利可图的形势。（《宋论》卷一）
我们看王守仁的做法完全暗合上述三点原则。
王守仁在前线积极备战，王琼则在后方积极为他免除一切后顾之忧。权力所在，总有人想要分一杯羹。既然王守仁有了提督军务的权力，江西的镇守太监毕真理所当然地提出监军的要求。面对这样一个“合理要求”，王琼提出了一个很中肯的反对意见：用兵最忌遥控；在南安、赣州一带用兵，却要事事去和远在南昌的镇守太监商议，这个仗就没法打了；只能说南昌有了危机时，南安、赣州可以派兵策应。
太监监军之事就这样在有惊无险中没了下文，接下来的一切就只看王守仁的手段了。
王守仁的策略是剿抚并用，先易后难。三大势力暂且放在一边，先从乐昌、龙川的各路叛军入手。为防浰头叛军乘间作乱，王守仁派人送去牛、酒、银、布，以示政府慰问。慰问总要有个名义，这正是宣传攻势得以施展的机会。这一回王守仁全用老百姓的语言，言谆谆，意切切，一副苦口婆心的态度：
本院巡抚是方，专以弭盗安民为职。莅任之始，即闻尔等积年流劫乡村，杀害良善，民之被害来告者，月无虚日。本欲即调大兵剿除尔等，随往福建督征漳寇，意待回军之日剿荡巢穴。后因漳寇即平，纪验斩获功次七千六百有余，审知当时倡恶之贼不过四五十人，党恶之徒不过四千余众，其余多系一时被胁，不觉惨然兴哀。因念尔等巢穴之内，亦岂无胁从之人。况闻尔等亦多大家子弟，其间固有识达事势，颇知义理者。自吾至此，未尝遣一人抚谕尔等，岂可遽尔兴师剪灭；是亦近于不教而杀，异日吾终有憾于心。故今特遣人告谕尔等，勿自谓兵力之强，更有兵力强者，勿自谓巢穴之险，更有巢穴险者，今皆悉已诛灭无存。尔等岂不闻见？
夫人情之所共耻者，莫过于身被为盗贼之名；人心之所共愤者，莫甚于身遭劫掠之苦。今使有人骂尔等为盗，尔必怫然而怒。尔等岂可心恶其名而身蹈其实？又使有人焚尔室庐，劫尔财货，掠尔妻女，尔必怀恨切骨，宁死必报。尔等以是加人，人其有不怨者乎？人同此心，尔宁独不知；乃必欲为此，其间想亦有不得已者，或是为官府所迫，或是为大户所侵，一时错起念头，误入其中，后遂不敢出。此等苦情，亦甚可悯。然亦皆由尔等悔悟不切。尔等当初去后贼时，乃是生人寻死路，尚且要去便去；今欲改行从善，乃是死人求生路，乃反不敢，何也？若尔等肯如当初去从贼时，拚死出来，求要改行从善，我官府岂有必要杀汝之理？尔等久习恶毒，忍于杀人，心多猜疑。岂知我上人之心，无故杀一鸡犬，尚且不忍；况于人命关天，若轻易杀之，冥冥之中，断有还报，殃祸及于子孙，何苦而必欲为此。我每为尔等思念及此，辄至于终夜不能安寝，亦无非欲为尔等寻一生路。惟是尔等冥顽不化，然后不得已而兴兵，此则非我杀之，乃天杀之也。今谓我全无杀尔之心，亦是诳尔；若谓我必欲杀尔，又非吾之本心。尔等今虽从恶，其始同是朝廷赤子；譬如一父母同生十子，八人为善，二人背逆，要害八人；父母之心须除去二人，然后八人得以安生；均之为子，父母之心何故必欲偏杀二子，不得已也；吾于尔等，亦正如此。若此二子者一旦悔恶迁善，号泣投诚，为父母者亦必哀悯而收之。何者？不忍杀其子者，乃父母之本心也；今得遂其本心，何喜何幸如之；吾于尔等，亦正如此。
闻尔等辛苦为贼，所得苦亦不多，其间尚有衣食不充者。何不以尔为贼之勤苦精力，而用之于耕农，运之于商贾，可以坐致饶富而安享逸乐，放心纵意，游观城市之中，优游田野之内。岂如今日，担惊受怕，出则畏官避仇，入则防诛惧剿，潜形遁迹，忧苦终身；卒之身灭家破，妻子戮辱，亦有何好？尔等好自思量，若能听吾言改行从善，吾即视尔为良民，抚尔如赤子，更不追咎尔等既往之罪。如叶芳、梅南春、王受、谢钺辈，吾今只与良民一概看待，尔等岂不闻知？尔等若习性已成，难更改动，亦由尔等任意为之；吾南调两广之狼达，西调湖、湘之土兵，亲率大军围尔巢穴，一年不尽至于两年，两年不尽至于三年。尔之财力有限，吾之兵粮无穷，纵尔等皆为有翼之虎，谅亦不能逃于天地之外。
呜呼！吾岂好杀尔等哉？尔等苦必欲害吾良民，使吾民寒无衣，饥无食，居无庐，耕无牛，父母死亡，妻子离散；吾欲使吾民避尔，则田业被尔等所侵夺，已无可避之地；欲使吾民贿尔，则家资为尔等所掳掠，已无可贿之财；就使尔等今为我谋，亦必须尽杀尔等而后可。吾今特遣人抚谕尔等，赐尔等牛酒银钱布匹，与尔妻子，其余人多不能通及，各与晓谕一道。尔等好自为谋，吾言已无不尽，吾心已无不尽。如此而尔等不听，非我负尔，乃尔负我，我则可以无憾矣。呜呼！民吾同胞，尔等皆吾赤子，吾终不能抚恤尔等而至于杀尔，痛哉痛哉！兴言至此，不觉泪下。（《告谕浰头巢贼》）
这篇告谕不仅体现了王守仁的军政原则，也暗含阳明心学的学术要领，很值得我们重视。开宗明义是，巡抚一方，职责就是弭盗安民。言下之意是，兵和贼虽然势同水火，但那是兵的职责所在，彼此并没有私人恩怨，兵对贼并没有出于私人恩怨的偏见。
继而谈到之前平乱的体会：“斩获虽然有七千六百多人，却发现真正的首恶不过四五十人，党羽不过四千多人，其余的人都是被贼人胁迫罢了。由此想到你们这些山寨，恐怕也有不少人是心不甘情不愿地被胁迫参与的。还听说你们当中有不少人都是大家子弟，明是非，懂义理。我如果就这么带兵围剿过去，这就近乎于孔子所批评的不教而诛了，所以我特地派人给你们讲讲道理。”
道理似乎相当浅易直白：“人人都耻于盗贼之名，人人都痛恨被盗贼劫掠，人同此心，心同此理。那么，你们之所以做盗贼，之所以出门行抢，一定有不得已的苦衷，想来或是被官府所迫，或是被大户所逼，一时行差踏错做了贼，后来便不敢回头了。那么，你们当初决意做贼的时候，是活人寻死路，尚且要去便去，如今悔改的话，是死人寻活路，又担心什么呢？”
我们看儒家心学一脉，从陆九渊到王阳明，都有个“人同此心，心同此理”做根基，事实上王守仁这里所讲的理，即便在当时的价值一元论的背景下看，也只是知识分子的理，而不是平民百姓的理。
王守仁试图以“己所不欲，勿施于人”的道理说服叛乱分子，然而这样的一种道德原则完全是理性反思的结果，并非出于人性的自然，换言之，在人的天性里，并不存在“己所不欲，勿施于人”这个道理。相反，出于天性的一面正如阿克顿勋爵的名言“权力导致腐败，绝对的权力导致绝对的腐败”，或者是它的意大利谚语版“只要有机会，人人都会做贼”。一个人不知要经过多少自觉或不自觉的道德教育，才有可能内化出“己所不欲，勿施于人”的道德操守。所谓活人求死路、死人求活路之类的说法更没道理，明朝开国岂不正是从“活人求死路”上来的，只不过覆雨翻云、成王败寇罢了。
王守仁如此剖白，甚至说出了因果报应的道理：“我们这些做官的人难道真的残忍好杀吗？无故杀一只鸡都不忍心，何况杀人！轻易杀人的话，冥冥之中自有报应，祸及子孙，真是何苦来哉？！”
倘若这样的冥报真的存在，王华一家四子多年不育不知道意味着什么；王守仁后来真的有一场子孙之难，难不成就是“镇压农民起义”的报应？事实上王守仁正式认准儒学之后，花费过太多的唇舌来辩驳佛道之非，善恶冥报更属于愚夫愚妇间流行的佛教知识，王守仁更不会以为然，也许立诚之道能够容许这些善意的谎言吧。
王守仁接下来说：“我处心积虑想给你们找到一条活路，但你们如果冥顽不化，那就不是我杀你们，而是天杀你们了。你们虽然堕入恶途，但也和良民一样都是朝廷赤子。这就好比一对父母生了十个孩子，其中有八人为善，二人悖逆，这二人要杀那八个兄弟，父母只能杀掉这两个悖逆的孩子来保全其他的孩子。并非父母真有杀心，只是事非得已。倘若那两个悖逆的孩子改邪归正，父母欢喜还来不及呢。”
上面这套道理正是标准的父母官思维，统治者和被统治者是父母和子女的关系，彼此是由亲情维系着的。当初先秦儒家之所以有这种理论，是因为宗法社会确是这样的实情，统治者往往身兼父家长的角色，或者说是一个大家族的族长。但宗法社会解体之后，宗法社会诞生的政治思想依然沿袭下来，人们乐于相信这种温情脉脉的政治哲学，但真的应用起来注定会有圆凿方枘的龃龉感。
无论皇帝对待百姓还是地方官对待百姓，哪会有半点父子亲情？帝王将相或“屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业”，或“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”（黄宗羲《原君》），倘若拿掉道德的眼镜，会发现这不过是人之常情罢了。即便彼此真有父子血缘，倘若一对父母生下几百几千万的儿女，想来也会把他们当中的绝大多数当作陌生人看待的。
“小人喻于利”，王守仁便真的喻之以利：“听说你们辛苦做贼，日子竟然过得相当拮据，与其如此，何不将做贼的辛苦精力用在务农或经商上呢？只要你们改邪归正，我一定既往不咎，你们看叶芳、梅南春、王受、谢钺这些例子，如今我将他们都当作良民看待。但你们如果还是要做贼的话，那就别怪我手段毒辣了。我将南调两广的狼兵，西调湖湘的土兵，亲率大军围攻你们的巢穴，一年不成就两年，两年不成就三年，你们这点财力难道能耗得过我背后的国家财力吗？我如今良言相劝，如果你们执意辜负我这番心意，我也就只有挥起屠刀了。想到这里，不觉泪下。”
这些话应当也算作本着立诚之心的善意的谎言吧，但想来也有故布疑阵的意思在。公开告谕的这些战术方针完全是朝廷以往的平乱手段，所以既容易取信于叛军，也容易瞒天过海，使出奇兵。当然，千言万语也是为了说服自己，使自己可以毫无心理障碍地去镇压和屠杀这些曾经的“朝廷赤子”，倘若在生死搏杀中心存半点不忍，有了半点犹豫，都会把自己抛向败亡之道的。
《年谱》记载，这份用心良苦的告谕使人得以想见“虞廷干羽之化”——这是儒家很推崇的仁者之战，圣王虞舜举着盾牌和大斧表演了一场舞蹈，穷凶极恶的苗人部落便甘心归顺了。李白有诗“如何舞干戚，一使有苗平”，这种古老的道德感化力量才是最值得称道的兵法。
于是，叛军首领黄金巢、卢珂等人率部来降，应时应景地扮演了三苗的角色，表示愿效死力以报答王守仁的仁德。卢珂是个关键人物，下文还将有他的重要戏码。