居乡守制的日子里，王守仁依然不废讲学，后来鼎鼎大名的钱德洪、王畿都是他在这一时期纳入门下的弟子。而他此时的思想建树，最要紧的便是提出了“三教合一”的论题。
那是嘉靖二年（1523年）十一月，弟子张元冲请教一个很微妙的问题：“佛教、道教与我们儒家圣学只有毫厘之差，三者对于修习性命之道皆有益处，但只因佛教、道教在性命修习中掺杂了一点私意，所以毫厘之差致成千里之谬。但我觉得佛、道两家毕竟有益，不知道是否可以兼而取之呢？”
这其实是一个老问题了，梳理起来非要大费周章不可。简言之，儒家与佛、道两教原本天差地别，根本就不只是毫厘之差。儒家旨归是给社会开药方，重建西周初年尊卑有序的礼仪制度；佛教诞生于六道轮回的印度传统，教人找出轮回的原因，从而从轮回当中跳脱出来；道教或炼外丹，或炼内丹，总之是教人长生久视、羽化成仙。三者原本就是这样风马牛不相及的，结果混杂在同一片土壤上争奇斗艳，面貌渐渐变得相似了。
一个很要紧的缘故是，三者都不得不偏离了自己的原始目标。
儒家理想的基石是周代宗法社会，自秦汉以后再也找不到合适的土壤；佛教教人跳脱轮回，而跳脱轮回的状态究竟是生是死，是永恒还是寂灭，是神通广大还是与世无涉，这一切全然无法说清，佛陀归之于“十四无记”，悬置不论了事，这真不是有着深厚的现实主义传统的中国人能够接受的；道教倒很现实，教人服食成仙，就算成不了仙，至少也可以延年益寿。
所以从原初的情形看，佛教和道教与其说是宗教，不如说是技术。佛陀创设了一整套跳脱轮回的技术，佛经相当于技术手册。道教的技术色彩更强，炼丹修仙总是难事。无论佛教徒还是道教徒，只要根据技术手册坚持用功，理论上说都可以达成各自的目的。技术的学习当然需要毅力，却并不需要坚定的信仰，这正是佛教、道教绝不同于基督教之类西方意义上的宗教信仰的地方。基督教讲究“因信称义”，信究竟要信到怎样的程度呢？早期神学家德尔图良有一句名言，被后人凝练为“因为荒谬，所以相信”。如果事情非要合情合理才可相信，那就是理性的判断，不是信仰了。
这样看来，儒、释、道三家非但都是“讲理”的，还都属于技术性的知识，虽然技术指向不同，但都包含心灵修炼的内容。儒家自宋代以后，心灵修炼越来越仰仗静坐冥想式的神秘体验了，换言之，这就是在修心技术上与佛、道合流，而我们已经知道，只要是静坐冥想式的神秘体验，无论名义上属于哪种信仰或哪种修行，脑神经的运作机理都是高度相似的，当事人获得的感受也是高度相似的。
原本儒、释、道各执一词，佛教说孔子是儒童菩萨，所以儒家只是佛教的一个变种；道教说佛陀是老子所化，所以佛教只是道教的一个变种；儒家说佛、道两家都是异端邪说，佛陀不过是外邦的圣人。
我们由此看到思想史上的一大趋势，争论由你死我活渐渐变成了谁都想通过收编的手法来矮化对手，结果收编手法反而促成了三教合流。而以现实的眼光来看，得道高僧究竟有没有跳脱轮回，道教高人究竟有没有羽化成仙，世人总看不到扎扎实实的证据，勉强能看到、能沟通的只有心灵修炼的内容。那么，站在心灵修炼的角度来看三教的纷争，似乎真的全无必要，大家好像都是一家人。但是，思想阵营的边界毕竟存在了这么久，三者又确实该有某些本质性的区别，这“本质性的区别”到底是什么呢？
张元冲的问题正意味着心学阵营里广泛存在的这一种疑惑，王守仁给出了一个相当经典的回答：
“说兼取，便不是。圣人尽性至命，何物不具，何待兼取？二氏之用，皆我之用：即吾尽性至命中完养此身谓之仙；即吾尽性至命中不染世累谓之佛。但后世儒者不见圣学之全，故与二氏成二见耳。譬之厅堂三间共为一厅，儒者不知皆吾所用，见佛氏，则割左边一间与之；见老氏，则割右边一间与之；而己则自处中间，皆举一而废百也。圣人与天地民物同体，儒、佛、老、庄皆吾之用，是之谓大道。二氏自私其身，是之谓小道。”
儒家是否有必要兼取佛、道呢？答案很明确：“不需要。”
理由很简单：“儒家已经囊括了全部的终极真理。佛教、道教虽然切中了真理的一部分，但这部分并不在儒家真理之外。”
王守仁的解释是：“我们在儒家的心灵修炼中延年益寿，这就叫仙；我们在儒家的心灵修炼中摆脱了世俗的羁绊，这就叫佛。后世儒者看不见儒学的全貌，所以才错误地将儒家与佛、道两家分裂来看。这就好比一座厅堂有三个房间，这就是儒学的全部，但后世儒者不晓得这三个房间全是自己的，看到佛教来了，就割出左边一间给它，看到道教来了，又割出右边一间给它，自己只留着中间那间。圣人与天地万物同体，儒、佛、老、庄都是圣人的手段，这才是大道；佛、道两家只守着自己那一套，所以都是小道。”
汇通三教早已是一个悠久的思想传统了，王守仁并不是始作俑者，但最值得我们留意的是他论说的理由——他正是从静坐冥想的神秘体验里获得了打通时空的感受，然后以这个感受作为依据来证明，既然天地万物与我都是一体，儒、释、道难道是分裂的三者不成？按这个逻辑推演下来，我们还会得出这样的结论：凡是以割裂的、彼此分别的眼光来看问题的，都是错的。
世上常有调和论者，认为所有的思想其实都不矛盾，正如盲人摸象的那个寓言所揭示的，之所以聚讼纷纭，只因为大家各自触到了真理的一个局部，并且以为这个局部就是全体了。如果这样的逻辑成立，也就意味着我们只要把所有的思想主张拼凑起来，就会逐渐拼凑出终极真理的完整面貌。
但这样的工作说来容易做来难，譬如我们倒容易拼凑一神论和多神论，但不知该怎样将有神论和无神论拼凑在一起。更难设想的是，如果我们将儒家、佛家、道家、基督教、纳粹主义、资本主义、军国主义、宿命论、自由意志等等主张拼凑在一起，呈现出来的会是怎样一个怪物呢？难道终极真理在某些情境下会呈现为军国主义的样子，在另一些情境下呈现为人道主义的样子？
在王守仁的世界里，思想主张毕竟远不如我们所见的多。倘若他生活在今天，看到这个地球村里纷繁复杂，远多于儒、释、道三家的思想主张，不知道会不会修正原来的想法。