在绍兴守制的岁月里，讲学几乎成为王守仁全部的社会活动。四方求学者纷至沓来，其中最值得一讲的是南大吉求学问道的故事。
南大吉，字元善，号瑞泉，时任绍兴知府，正是王守仁的父母官。南大吉与王守仁论学有悟，忽然问了老师一个很实际的问题：“我做官犯了不少错，您怎么从没有提醒过我呢？”
王守仁问道：“你都犯过什么错？”
南大吉于是一一列举。
王守仁道：“我明明都提醒过你啊！”
南大吉很错愕：“哪有啊？”
王守仁道：“如果我没讲，你从哪里晓得自己错了？”
南大吉道：“那都是良知告诉我的。”
王守仁道：“良知难道不是我最常讲的吗？”
南大吉了然大笑，拜谢而去。
又过了几天，南大吉反省出更多的错误，来找老师说道：“与其等我犯了错误再悔改，不如您见我要犯错的时候提醒一下。”
王守仁答道：“听别人的劝告不如自我反省来得真切有力。”
南大吉再次受教，笑谢而去。
如此又过了几天，南大吉发现自己错得更多了，还生出了新的疑惑，于是请求老师道：“实际犯下的过错倒还可以悔改，但心里犯的错该怎么办才好呢？”
王守仁答道：“心镜未经擦拭和打磨的时候很容易藏污纳垢，如今心镜已经擦亮了，哪怕只飘来一粒尘埃，它在这光洁明亮的镜面上自然落不住脚。这正是成圣成贤的关键，你要继续努力啊！”
以上南大吉的三度问学，为我们展现了心学修养的技术逻辑。南大吉随后以地方官的身份便利，在绍兴开办了稽山书院，亲自讲学，还请王守仁为书院的尊经阁写了一篇序文，这便是王守仁的名文《稽山书院尊经阁记》，或简称为《尊经阁记》：
经，常道也。其在于天谓之命，其赋于人谓之性，其主于身谓之心。心也，性也，命也，一也。通人物，达四海，塞天地，亘古今，无有乎弗具，无有乎弗同，无有乎或变者也。是常道也，其应乎感也，则为恻隐，为羞恶，为辞让，为是非；其见于事也，则为父子之亲，为君臣之义，为夫妇之别，为长幼之序，为朋友之信。是恻隐也，羞恶也，辞让也，是非也；是亲也，义也，序也，别也，信也；一也。皆所谓心也，性也，命也。通人物，达四海，塞天地，亘古今，无有乎弗具，无有乎弗同，无有乎或变者也，是常道也。是常道也，以言其阴阳消息之行焉，则谓之《易》；以言其纪纲政事之施焉，则谓之《书》；以言其歌咏性情之发焉，则谓之《诗》；以言其条理节文之著焉，则谓之《礼》；以言其欣喜和平之生焉，则谓之《乐》；以言其诚伪邪正之辩焉，则谓之《春秋》。是阴阳消息之行也，以至于诚伪邪正之辩也，一也。皆所谓心也，性也，命也。通人物，达四海，塞天地，亘古今，无有乎弗具，无有乎弗同，无有乎或变者也，夫是之谓《六经》。《六经》者非他，吾心之常道也。故《易》也者，志吾心之阴阳消息者也；《书》也者，志吾心之纪纲政事者也；《诗》也者，志吾心之歌咏性情者也；《礼》也者，志吾心之条理节文者也；《乐》也者，志吾心之欣喜和平者也；《春秋》也者，志吾心之诚伪邪正者也。君子之于《六经》也，求之吾心之阴阳消息而时行焉，所以尊《易》也；求之吾心之纪纲政事而时施焉，所以尊《书》也；求之吾心之歌咏性情而时发焉，所以尊《诗》也；求之吾心之条理节文而时著焉，所以尊《礼》也；求之吾心之欣喜和平而时生焉，所以尊《乐》也；求之吾心之诚伪邪正而时辩焉，所以尊《春秋》也。
盖昔者圣人之扶人极，忧后世，而述《六经》也，犹之富家者之父祖虑其产业库藏之积，其子孙者或至于遗忘散失，卒困穷而无以自全也，而记籍其家之所有以贻之，使之世守其产业库藏之积而享用焉，以免于困穷之患。故《六经》者，吾心之记籍也，而《六经》之实则命于吾心；犹之产业库藏之实积，种种色色，具存于其家。其记籍者，特名状数目而已。而世之学者，不知求《六经》之实于吾心，而徒考索于影响之间，牵制于文义之末，硁硁然以为是《六经》矣。是犹富家之子孙不务守视享用其产业库藏之实积，日遗忘散失，至于窭人匄夫，而犹嚣嚣然指其记籍曰“斯吾产业库藏之积也”，何以异于是！呜呼！《六经》之学，其不明于世，非一朝一夕之故矣。尚功利，崇邪说，是谓乱经；习训诂，传记诵，没溺于浅闻小见以涂天下之耳目，是谓侮经；侈淫辞，竞诡辩，饰奸心，盗行逐世，垄断而自以为通经，是谓贼经。若是者，是并其所谓记籍者而割裂弃毁之矣，宁复知所以为尊经也乎！
越城旧有稽山书院，在卧龙西冈，荒废久矣。郡守渭南南君大吉既敷政于民，则慨然悼末学之支离，将进之以圣贤之道。于是使山阴令吴君瀛拓书院而一新之，又为尊经之阁于其后。曰：“经正，则庶民兴；庶民兴，斯无邪慝矣。”阁成，请予一言以谂多士。予既不获辞，则为记之若是。呜呼！世之学者既得吾说而求诸其心焉，其亦庶乎知所以为尊经也矣。
这篇文章的全部逻辑，都基于静坐冥想之中的万物一体的神秘体验，所以不断将世人囿于管见而割裂的东西重新融为一体。文章题为《尊经阁记》，开宗明义，先解释“经”的含义。
什么是“经”，常人都知道是指儒家经典，但王守仁取了更深一层的解释：所谓经，就是永恒不变的规则。接下来的推理就剑走偏锋了：经，即永恒不变的规则，当它表现在天的时候，就叫作命；当它表现在人的身上，就叫作性；当它表现为人身的主宰时，就叫作心。所以，心、性、命，说法虽然不同，其实都是同一个东西。
现代人来看这个推演，最多觉得有点费解，但在古人看来，这就多少有点骇人听闻了。古人一般并不认为这三者是同一回事，其中争议较少的是“命”，是指人力无法改变的注定性，直到今天仍然有人会将某些事情的发生解释为“命中注定”。曹魏年间，李康写过一篇很有名的《运命论》，开篇就是“夫治乱，运也；穷达，命也；贵贱，时也”，意即社会是太平还是动乱，这是由“运”决定的；人生是困厄还是顺遂，这是由“命”决定的；人在社会中的位置是高是低，这是由时机来决定的。
人生的穷达祸福总有人力所不及的成分，最诡谲的情形譬如民谚所谓“杀人放火金腰带，修桥补路无尸骸”，再如一个人辛勤耕耘了一生，结果一事无成，另有人一味游手好闲，偏偏中了彩票大奖，这该怎么解释呢？那就归结于“命”好了。
至于“心”与“性”，这却是思想史上一对很纠结的概念。《中庸》首句正是“天命之谓性”，意即性是天所赋予人的。在程朱理学里，天理着落在具体的事物上，便构成了这一事物的“性”，所以有“性即理”这个命题。今天我们骂一个人“没有人性”，这话便有着程朱理学上的源头，意味着这个挨骂的人不具备人之所以成为人的“天理”。
在这个体系里，“性”是抽象的、规则性的东西，“心”则是具体的、物质性的东西。“心”是理与气的结合，可思可感，具有认识能力。然而在心学系统里，陆九渊认为“心”与“性”的差别只是语词上的差别，实则都是一回事，所以说“性即理”亦可，“心即理”亦可。这一字之差，背后藏着的却是理学与心学的一个根本分歧。
理学以支离、分裂的眼光看世界，所以看到世界既有抽象的、规则性的理，又有具体的、质料性的气，理与气的结合才构成了我们的宇宙；心学以笼统的、综合的眼光看世界，所以看到天地万物与我同为一体，不分彼此，“心”与“性”的划分自然没必要了。
所以王守仁在这里所讲的“经”，其实就是朱熹所谓的“理”，只不过王守仁用这个概念统摄了一切，达到了无远弗届的程度。在他看来，“经”，或者说“理”，永恒不变，只是在不同的场合呈现出不同的状态，人们把它的每一种状态都误认为一种单独的事物，所以才分别取了名字。我们大约可以用水来做类比，水在不同温度下会呈现出固态、液态、气态这三种状态，但其实都是同一种东西，如果一个人把冰和水看作不同的事物，那就犯了理学家惯犯的错误。再如月亮，如果一个人把新月、残月、满月、上弦月、下弦月当作不同的事物，那就错了。王守仁就是要告诉大家，概念是人强行划分的，性状是因时因地变化的，月亮永远都是那个月亮，满月并不比残月多一分，残月也不比满月少一分。
王守仁正是在这个逻辑上不断推演：经，或者说理，当它呈现于情感中，就是恻隐、羞耻、憎恶、是非；呈现于事情上，就是父子之亲、君臣之义、夫妇之别、长幼之序、朋友之信；呈现于阴阳消长，就是《周易》；呈现于政务，就是《尚书》；呈现于吟咏性情，就是《诗经》；呈现于礼仪，就是《礼经》；呈现于欣喜平和的律动，就是《乐经》；呈现于辨别真伪正邪，就是《春秋》。
王守仁以这样的逻辑来阐发儒家六经，将作为文本的六经看作天理在不同情境里的不同呈现，于是，人们之所以尊奉六经，并非尊奉其文本，而是尊奉文本背后的天理。作为文本的儒家六经好比古代圣人记载天理的账簿，后人独独尊奉账簿，却不晓得循着账簿发掘天理的宝藏，买椟还珠而不自知。
六经的实体就是天理，天理就在每个人的心里，人们应当借助六经的文本来彰明心中的天理，然而世人像某些愚蠢的富家子弟，任凭家业败散，却指着账簿说：“这就是我家的全部产业啊！”